Первое упоминание относится к 1469 г. в форме Чебоксар. Название присвоено по речке, в устье которой находится. В основе гидронима распространённое у марийцев и мордвы дохристианское имя Чебак (вариант Чебакса), которое сочетается с древним финно-угорским речным термином -ар, т.е. "река Чебака". Известное в диалектах чувашского языка название этого города Шобашкар и современная литературная форма Шупушкар - более поздние переработки исходной финно-угорской формы.
С 1555 г. крепость Московского государства, заселённая стрельцами.
В конце 17 - 18 вв. Чебоксары - известный торговый центр Поволжья (соль, хлеб, пушнина, кожевенное сырьё, мёд и др.).
В 1708 г. Чебоксары приписаны к Казанской губернии, с 1719 г. в Свияжской провинции. С 1781 г. уездный город Казанского наместничества (с 1796 г. - Казанская губерния).
В 1856 г. в уездном городе Чебоксары Казанской губернии насчитывалось 11 церквей, 836 домов, 28 лавок.
К началу 20 в. торговое значение было утрачено. Город славился обилием церквей: 12 каменных церквей, 11 часовен, Троицкий мужской монастырь с 3 церквами.
В начале 20 в. в употреблении закрепилась форма множественного числа Чебоксары.
С 1920 г. центр Чувашской АО, с 1925 г. столица Чувашской АССР, с 1992 г. - Чувашской Республики (Чувашии).
В 1959 г. в черту города вошли рабочие посёлки Сосновка (ПГТ с 1941 г.), Чапаевский (ПГТ с 1941 г.), Южный с общим населением примерно 10 тыс. жителей.
