В 1662 г. на месте современного Кургана крестьянином Тимофеем Невежиным было основано укреплённое поселение Царёво Городище (Царёв Курган). Названия по находившемуся в 6 верстах от слободы кургану, который за свои значительные размеры именовался Царёв курган.
В 1738 г. в связи с устройством Ишимской линии укрепление было упразднено, а поселение названо Курганской Слободой, которая в 1782 г. преобразована в уездный город Курган Тобольской области Тобольского наместничества (с 1796 г. - Тобольская губерния).
В 1856 г. в окружном городе Курган Тобольской губернии насчитывалось 2 церкви, 647 домов, 70 лавок.
С середины 19 в. город становится центром торговли продуктами земледелия и скотоводства (хлеб, сало, мясо, масло, кожи). Промышленность была представлена в основном предприятиями по переработке сельскохозяйственного сырья. Оборот 4 ежегодных ярмарок превышал 3 млн. руб., насчитывалось около 150 торговых лавок.
В конце 19 в. в связи со строительством Транссибирской железной дороги, началось быстрое развитие города. В Кургане действовало около 60 фабрик и заводов, в окрестностях были развиты огородничество и табаководство. В 1905 г. в Кургане был пущен завод водяных турбин, один из первых в России.
В 1907 г. А.Н. Балакшиным создана одна из крупнейших российских коопераций - Союз сибирских маслоделательных артелей, объединивший более 1000 мелких предприятий.
Во время Великой Отечественной войны 1941-45 в городе были размещены многие промышленные предприятия и население, эвакуированное из западных районов страны.
С 1943 г. центр Курганской области.
В 1991 г. упразднены городские районы Кургана: Октябрьский, Первомайский, Советский.
