Строительство Магадана началось в начале 1930-х гг. в связи с освоением природных ресурсов Северо-Востока СССР (добыча золота в бассейне Колымы). Название Магадан из эвенского монгодан "морские наносы; плавник", - так называлась одна из рек, протекавших близ места возникновения города. Менее убедительна версия, связывающая название с именем эвена Магда, на месте стойбища которого со временем вырос город.
В 1930-50 гг. Магадан был центром управления Северо-Восточных исправительно-трудовых лагерей НКВД СССР.
Город с 1939 г. С 1953 г. центр Магаданской области.
В 2000 г. в состав города вошли Арманский, Ольский и Хасынский городские округа вместо Ольского и Хасынского районов области. В 2002 г. Ольский и Хасынский районы восстановлены.
