Основана в 1844 г. как русское военное укрепление Петровское, среди горцев более известное под названием Анджи-Кала (буквально - мучная крепость). В 1857 г. поселение при крепости получило статус города с наименованием Петровск-Порт.
Название связано с тем, что согласно преданию, во время Персидского похода здесь в 1722 г. стояло лагерем войско Петра I.
В 1861-70 гг. здесь велось строительство искусственной гавани и порта. Соединение города железными дорогами с Владикавказом и Баку (1894-96) способствовало значительному увеличению грузооборота порта.
В конце 19 - начале 20 вв. в Петровск-Порте возникают нефтеперегонный и бондарный заводы, бумагопрядильная и табачная фабрики, ж.д. мастерские.
В черту города вошёл посёлок Петровск-Кавказский (ПГТ с 6.12.1929 г., 2.0 тыс. жит., 1931), ныне Махачкала-1.
Во время Гражданской войны 1918-22 с лета 1918 г. до начала 1920 г. город был оккупирован германскими и турецкими войсками, с января по март 1920 г. здесь находились английские войска и части белой армии. 30 марта 1920 г. в Петровск-Порт вошли части Красной Армии.
В мае 1921 г. был провозглашен столицей Дагестанской АССР, переименована в честь одного из активных участников борьбы за советскую власть в Дагестане Магомед-Али Дахадаева (Махача) (1882-1918). Махач - сокращённая форма имени Магомед, кала - "город, крепость".
Махачкала сильно пострадала во время разрушительного землетрясения 14 мая 1970 г.
