Основан в 1566 г. как крепость Орёл для защиты южных границ Русского государства.
Название по расположению при впадении в Оку р. Орёл (с 1784 г. Орлик). Гидроним позже упоминается как Орел и Орель в Книге Большому чертежу, 1627 г.; Орёл во второй половине 18 в. и Орлик со второй половины 19 в. Для объяснения этого гидронима иногда принимают ту же этимологию, что и для названия днепровского притока Орель (тюркское airyly "угловатый"), хотя там название относится к урочищу и лишь позже перенесено на реку. Поэтому, учитывая положение реки Орел в зоне широкого распространения балтийской гидронимии, более правдоподобно балтийское происхождение название; для сравнения: прусское Arle, озеро, 1437 г., позже Orlen; Arelen, озеро, 1332 г. от arelis "орёл"; литовское Arline от irlos "сенкосный луг".
В 17 в. подвергался частым набегам крымских татар.
В начале 17 в. один из очагов крестьянского восстания под предводительством Ивана Болотникова.
В 1611 г. крепость была разрушена польским отрядом А. Лисовского. В 1635-36 гг. восстановлена, существовала до 1702 г.
С середины 17 в. Орёл - значительный центр хлебной торговли.
При Петре I здесь была построена одна из первых в России парусиновых мануфактур и прядильни.
С 1708 г. город в составе Киевской губернии, с 1719 г. центр Орловской провинции. С 1727 г. провинциальный центр Белгородской губернии. С 1778 г. центр Орловского наместничества (с 1796 г. - Орловская губерния).
Во время Отечественной войны 1812 Орёл - одна из главных тыловых баз русской армии.
В 1856 г. в губернском городе Орёл Орловской губернии насчитывалось 30 церквей, 3549 домов, 737 лавок.
В середине 18-19 вв. дворянско-купеческий город с небольшими кустарными предприятиями по обработке сельскохозяйственного сырья, крупный центр хлеботорговли.
В 1834 г. начал действовать завод по отливке колоколов, в 1854 г. - чугуноплавильный завод. К 1861 г. действовало 83 промышленных предприятия, к концу 19 в. - 150 фабрик и заводов.
С 1928 г. Орёл в составе Центральночернозёмной области, с 1934 г. - Курской области, с 1937 г. центр Орловской области.
В годы Великой Отечественной войны 1941-45 был оккупирован немецко-фашистскими войсками 3 сентября 1941 г. Осовобождён 5 августа 1943 г. войсками Брянского фронта в ходе битвы на Орловско-Курской дуге. В честь освобождения (5 августа 1943 г.) Орла и Белгорода от немецко-фашистских войск в Москве был дан первый в истории Великой Отечественной войны артиллерийский салют.
