Основан в 1604 г. как русская крепость на р. Томь под названием Томский острог. С 1629 г. - центр области, торгово-ремесленный центр Сибири. Гидроним Томь исследователи 18 в. выводили из кетского томь, том "река"; современные авторы терминологическое значение этого слова отрицают и допускают образование том из кетского тума "тёмный, чёрный" или трактуют том как тюркско-монгольский "большой, главный".
В 17 в. играла значительную роль в обороне русской границы от вторжения степных кочевников. В 1614, 1617, 1657, 1698 гг. отражала набеги киргизов и калмыков. В 18 в. в связи с продвижением границы государства к югу и строительством пограничных укреплений на Северном Алтае, стратегическое значение Томска уменьшилось. Часть казаков из города были переведены в Бийскую и Усть-Каменогорскую крепости.
С 1708 г. в Сибирской губернии, в 1719 г. причислен к Тобольской провинции, с 1724 г. в Енисейской провинции, с 1726 г. снова в Тобольской провинции. С 1736 г. в Тобольском генерал-губернаторстве. С 1782 г. - областной город Тобольского наместничества (с 1796 г. - Тобольская губерния).
Со строительством Сибирского тракта Томск приобрел важное значение в в транзитной торговле. Были развиты кожевенное и мыловаренное производства, кузнечное и столярное ремесла. Население Томска и окрестных деревень занималось извозом. С 1804 г. Томск - центр Томской губернии.
Добыча золота в Томской и Енисейской губерниях с конца 1830-х гг. усилила торговое и транзитное значение Томска. В 1822-63 гг. томский гражданский являлся одновременно и главным начальником алтайских горных заводов. В Томске находилась Горная канцелярия.
В 1856 г. в губернском городе Томск Томской губернии насчитывалось 14 церквей, 1946 домов, 265 лавок.
При строительстве Транссибирской железнодорожной магистрали в Томск в 1896 г. была проложена железнодорожная ветка, построены ж.д. мастерские. Город начал быстро расти и приобрел роль крупного экономического и культурного центра Сибири.
В 1880 г. здесь основан первый в Азиатской части России университет, в 1896 г. - первое в Сибири высшее техническое учебное заведение - Технологический институт.
В начале 20 в. возникли новые отрасли производства - гильзовое, мебельное и др.
С 1944 г. - центр Томской области.
