Основана как крепость Уфа в 1574 г. на р. Белая при впадении в неё р. Уфа на месте ногайского укрепления Туратау (в русских источниках - Чёртово городище). Город с 1586 г.
Из ряда предлагавшихся этимологий гидронима можно отметить две. Согласно одной из них, гидроним возник в языке скифо-сарматских племён, обитавших в древности на Южном Урале, и образован из иранского ап "вода". Реалистична также гипотеза образования Уфа из башкирского родо-племенного наименования упай.
В 17 в. Уфа - крупный торговый центр на пути из центральной России в Сибирь.
В 1773-74 гг. выдержала 4-месячную осаду войск Емельяна Пугачёва под командованием Чики (И.Н. Зарубина). В 1788 г. в Уфе было создано мусульманское Духовное управление во главе с муфтием.
С 1708 г. в составе Казанской губернии, с 1719 г. центр Уфимской провинции, с 1728 г. в Сибирской губернии. С 1744 г. провинциальный центр в составе Оренбургской губернии. С 1781 г. центр Уфимского наместничества, с 1796 г. - Оренбургской губернии (в 1796-1802 гг. - уездный город).
В 1856 г. в губернском городе Уфа Оренбургской губернии насчитывалось 14 церквей, 1745 домов, 138 лавок.
С 1865 г. Уфа - центр Уфимской губернии.
В 1870-х гг. было установлено постоянное пароходное сообщение по Уфе и Белой. В 1890 г. через Уфу прошла Самаро-Златоустовская железная дорога.
Со второй половины 19 в. начала развиваться промышленность (преимущественно металлообработка и переработка сельскохозяйственного сырья).
В 1922-91 гг. столица Башкирской АССР, с 1991 г. - Республики Башкорстостан (Башкирия).
В 1944 г. в состав Уфы вошёл рабочий посёлок Дема (7.9 тыс. жит., 1939).
24.07.1956 г. в черту Уфы вошёл город Черниковск. В 1936 г. был образован Сталинский район Уфы. Район быстро рос, но был удалён от центра Уфы. Поэтому 5.12.1944 г. Сталинский район города Уфы был преобразован в город республиканского подчинения Черниковск. 25.02.1952 г. Черниковск был разделён на три городских района: Сталинский, Калининский и Орджоникидзевский. В 1950-х гг. границы Уфы и Черниковска стали соприкасаться что привело к возвращению города Черниковска в черту Уфы.
25.07.1980 г. в черту Уфы вошёл рабочий посёлок Шакша (7.8 тыс. жит., 1959; 8.9 тыс. жит., 1970; 9.2 тыс. жит., 1979).
