Основан в 1666 г. как казачье зимовье Удинское на р. Уда для сбора ясака с эвенков и бурят. Гидроним Уда от эвенкийского уда "спокойное, тихое течение". В 1689 г. возведён Удинский острог.
С 1690 г. административный центр западного Забайкалья. В 1735-1773 гг. упоминается как пригород Удинск. С 1775 г. провинциальный город Удинск, с 1783 г. уездный город Верхнеудинск Иркутской области Иркутского наместничества (с 1796 г. - Иркутская губерния). Определение верхне- в этом случае не означает "в верхнем течении" (город находится в устье, т.е. в самом низу реки Уды), а дано для отличия от города Нижнеудинска, находящегося в среднем течении реки Уда, бассейн Ангары (в Иркутской области).
С 1822 г. окружной центр Иркутской губернии, с 1851 г. центр вновь образованной Забайкальской области.
Выгодное экономико-географическое положение Верхнеудинска (судоходная река Селенга с удобной пристанью, тракт на Кяхту и т.д.) способствовало превращению города в крупный торговый центр Забайкалья. Через Кяхту и Верхнеудинск шла торговля с Китаем.
В 1856 г. в окружном городе Верхнеудинск Забайкальской области насчитывалось 4 церкви, 518 домов, 110 лавок.
В 1899 г. через Верхнеудинск прошла Транссибирская магистраль.
Верхнеудинская ярмарка к концу 19 в. имела оборот до 2 млн. рублей.
В апреле - октябре 1920 г. Верхнеудинск столица Дальневосточной республики (ДВР). В 1921-22 центр автономной области бурят в составе ДВР. С 1923 г. столица Бурят-Монгольской АССР, в 1958-92 гг. - Бурятской АССР.
В 1934 г. Верхнеудинск переименован в Улан-Удэ - "Красная Уда" (улан бурятское "красный", Удэ - бурятское название р. Уда).
