Основан в 1632 г. как Якутский (или Ленский) острог отрядом енисейских казаков под руководством Петра Бекетова на правом берегу Лены (примерно в 70 км ниже нынешнего города). Со временем закрепилось название Якутский острог. В 1634 г. возведён новый острог выше прежнего на том же берегу Лены. В 1642-43 гг. острог из-за затопляемости был перенесён на современное место - на левый берег в долину Туймаада (центр поселений якутов). Официальной датой основания Якутска считается 1632 г.
В 1680-е гг. западнее острога заложен город и возведена деревянная крепость. В 17 - первой половине 18 вв. Якутск - военно-административный и торговый центр Северо-Восточной Сибири и опорным пунктом освоения русскими Дальнего Востока.
С 1708 г. город Якутский (позже Якутск) в Сибирской губернии, с 1719 г. в Тобольской провинции, с 1724 г. в Иркутской провинции. С 1764 г. в Иркутской губернии, с 1783 г. центр области в Иркутском наместичестве (с 1796 г. - Иркутская губерния). С 1805 г. - центр Якутской области; в 1852 г. Якутская область получила права самостоятельной губернии.
В 1856 г. в областном городе Якутск Якутской области насчитывалось 12 церквей, 342 дома, 150 лавок.
В 1922-90 гг. столица Якутской АССР.
